Благодаря наличию в системе открытых интерфейсов (ODBC, ActiveX) возможна реализация взаимодействия с любой из информационных систем, поддерживающих общедоступные открытые интерфейсы и/или обмен данными через файловую систему, по электронной почте и другими способами при наличии описания формата представления данных и способа (протокола) взаимодействия. В МИС Медиалог имеются готовые интеграционные протоколы с различными информационными системами, в том числе с бухгалтерскими системами (1С, Парус) для обмена данными складского учёта (накладные, требования, акты списания), информацией по оказанию платных медицинских услуг (проведённые платежи, реестры, счета).